1982 Anayasası gereğince 10 yıl siyaset yapma yasağı aldı. 1987’de halk oylamasıyla tekrar siyasete döndü. 19 Temmuz 1983’te kurulan Refah Partisi‘ne daha sonra genel başkan seçildi. 1991 seçimlerinde Konya’dan milletvekili oldu.
Refah Partisi 1995 seçimlerinde 158 milletvekili ile birinci parti oldu. DYP–ANAP koalisyonu başarısız olunca DYP ile kurduğu REFAHYOL hükümetinde 28 Haziran 1996’da başbakan olarak göreve başladı. Bu dönemde, Türkiye tarihinin ilk denk bütçesi yapıldı. İlk 8 ay planlanan şekilde uygulandı. Bu dönemde, D-8 adlı büyük bir organizasyonun liderliği gerçekleştirildi. Hazinenin, iç piyasaya borçlanma ihtiyacını ortadan kaldıran “Havuz Sistemi” uygulamasını başlattı. Memura her ay, enflasyon + büyüme oranında zammı otomatik olarak verme anlamına gelen s.mobil sistemini uygulamaya başladı. Memur, emekli ve işçiye % 110 ile % 200 oranlarında üst üste zamlar gerçekleştirildi. Esnafa yüklü miktarlarda kredi imkanı sağlandı.
21 Mayıs 1997’de Yargıtay Cumhuriyet Başsavcısı Vural Savaş, RP’nin kapatılması için Anayasa Mahkemesi’ne başvurdu ve RP kapatıldı. Hakkında açılan davalardan aldığı hapis cezaları ilerleyen yaşı gözönüne alınarak ev hapsine çevrildi. Kurucusu olduğu Milli Görüş Hareketi’nin 2001 yılında bölünmesinden sonra Erbakan’ın da desteklediği Milli Görüş’çü kanat Recai Kutan başkanlığındaki Saadet Partisi‘ni, yenilikçi kanat ise 2002 seçimleri’nde iktidara gelen AKP‘yi kurdu.
Erbakan, kamuoyunda “Kayıp Trilyon” davası olarak bilinen davada, Ankara 9. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından 6 Mart 2002’de “özel evrakta sahtecilik” suçundan 2 yıl 4 ay hapis cezasına mahkum oldu. Ceza onaylanınca partisinden istifa eden Erbakan, TCK’da yapılan değişiklik sonucunda hapishaneye girmekten kurtularak cezasını ev hapsinde tamamladı. Adli Tıp Kurumunun “sürekli hastalık” raporu doğrultusunda Cumhurbaşkanı Abdullah Gül tarafından 19 Ağustos 2008’de affedildi. 17 Ekim 2010’da tekrar kendi kurduğu Saadet Partisi’nin genel başkanlığına seçildi.
Necmettin Erbakan, 27 Şubat 2011 tarihinde hayata gözlerini yumdu. Merkez Efendi mezarlığında medfundur.