Hayat hikayesi çileyle dolu...1932'de fakir düşmüş bir ailede, Fahri-Mahbube çiftinin üçüncü çocuğu olarak dünyaya gelmiştir. İstiklal savaşı sırasında Kâzım Karabekir Paşa'nın emrinde çalışan babası, 4 yıl askerlik yapıp memleketine döndüğünde harap olan evinin onarımı için İstiklal Madalyası'nı satmıştır. Anne ve babasının okuma yazması olmaması sebebi ile kitap içinde bulunmayan bir evde büyümüştür. 1939 Erzincan Depremi'nde ablası, ağabeyi ve kardeşi depremde ölmüş, annesi, babası ve kendisi yaralı olarak kurtulmuştur.
İlk ve orta öğrenimini Erzincan'da tamamladıktan sonra 1950'de İstanbul'a giderek Zırhlı Birlikler Okulu'na yazılmıştır. Bu sürede 1953'e kadar orta saha ve forvette görev aldığı Davutpaşa takımına da girmiştir. 1952'de askeri okulu tamamlamasının ardından Kartal Maltepe'deki 1. Zırhlı Birlikler Tugayı'nda Tank Astsubayı olarak göreve başlamış, bir süre Erzurum, Kandilli'de görev yapmasının ardından 1960'ta Hava Kuvvetleri'ne geçerek füzeci olmuştur. Amerika'ya elektronik üzerine 6 aylık eğitime gönderilmiş ve füzeler üzerinde uzmanlaşmıştır. Askerlik hayatı boyunca 10'dan fazla kez Amerika'da eğitimlere katılmıştır. Birçok kez Avrupa'ya da gönderilen Okçu, bu geziler hakkında "Avrupa’yı İslamiyet’ten fazla bilirim, Allah beni affetsin. Yani hayatımı oraya harcadım. Avrupa ülkelerini bir bir dolaştım. Ordu beni dolaştırdı, orduya minnettarım." demektedir. 1958'de New York'tan İstanbul'a gelirken Atlas Okyanusu üzerinde iken 4 motorlu uçağın 3 motorunun stop etmesi sonucu bir ölüm tehlikesi atlatmıştır.
Askerlik hakkında "Askerlik çok iyi bir meslek. Ben kültürümü orada artırdım, orada tahsil yaptım. Orada dinimi, imanımı öğrendim. Dünyaya tekrar gelsem, her hâlde yine asker olurdum. Askerlik tabii ters gidene de çok kötü bir meslek." diyen Ömer Okçu, ilk kez 1957'de gördüğü Kuran'ı okumanın yanında, Arapça, İngilizce ve Osmanlıca'yı da kendi çabasıyla öğrenmiştir. Dinle ilgilenmeye başlaması üzerine eserleriyle tanıştığı Said Nursi ile bizzat tanışmak için 1957'de Emirdağ'a giderek Said Nursî'nin talebeleri arasına katılmış, daha sonra Erzurum'da sohbetine katılarak tanıştığı Mehmet Kırkıncı'ya da talebe olmuştur. 1972'de ordudan emekli olan Okçu Nurcu kimliği sebebi ile birçok kez üstlerine şikayet edilmesine karşın çalışkanlığı ve bilgisi onun ordudan atılmasını önlemiştir. Ancak, askeriyede birçok defa da mahkeme kararı ile olmasa da komutan emri ile hapis cezası almıştır.
1959'da Şermin Hanım ile evlenmiş ve bu evliliğinden Osman ve Ayşe adında iki çocuğu olmuştur.[5] 1967'de haftalık İttihad Gazetesi ile yazı hayatına başlayan Okçu, kendini gizlemek ve kitaplarını korumak adına Hekimoğlu İsmail müstear adını kullanmayı tercih etmiştir. "Hekimoğlu İsmail" adının tanınmasını sağlayan Minyeli Abdullah romanı kitaplaşmadan önce 1967'de İttihad Gazetesi’nde yayımlanmıştır. 2009 itibarı ile 80'den fazla kez baskısı yapılan, yüzbinlerin okuduğu Minyeli Abdullah romanını hem ordudan, hem de cemaatten,[10] hem de ailesinden gizli olarak ve parası yetmediği için çöplükten topladığı kâğıtları kullanarak yazdığını ifade etmektedir.[3][4] 1969-1974 yılları arasında Yeni Asya Gazetesi'nde köşe yazarlığı yapmış, 1975'te Sur Dergisi'ni çıkarmıştır. 1975'te Ahmed Günbay Yıldız ile birlikte Türdav'ı, 1982'de ise birçok ortakla beraber, şu anda başında oğlu Osman Okçu'nun bulunduğu, Timaş'ı kurmuştur.
Kimliği ortaya çıkmasının ardından 163'üncü maddeden yargılanmıştır. Minyeli Abdullah romanı 1986'da toplatılıp sonra serbest bırakılmıştır. 26 Ocak 1987 tarihli duruşmasında bu roman ile devlet düzenine karşı çıkmakla suçlanmıştır. Yazıları sebebi ile 11 defa hakkında soruşturma açılmıştır. Zaman'daki "Demek ki öyle..." başlıklı, Harp Okulları sınavına İmam Hatip Lisesi'ne gittiği için kayıt yaptıramayan gençlerin ve ailelerinin durumlarını konu aldığı yazısının ardından Türk Ceza Kanunu’nun 159. maddesini ihlal ettiği sebebi ile 1 sene mahkûmiyet cezası almış, infaz yasası gereği cezasında indirime gidilmesi üzerine 1992'de Şile Kapalı Ceza ve Tevkifevi'nde 72 gün hapis yatmıştır. Birkaç kere DGM'ye çıkarılan Okçu, 1994'te 15 yıl ağır hapsinin istenmesine karşın delil yetersizliğinden beraat etmiştir.
3 Şubat 2002’de Eyüp Sultan Camii’nde beyin kanaması geçirmiş, komadan kurtulup evine getirilmesinin ardından 1 Mart 2002'de ikinci defa beyin kanaması geçirmiştir.[6][8] Kendisine müdahale eden doktorların yüzde 5 yaşama şansı vermesine karşın hayatta kalmış ancak vücudunun sol tarafı felç olmuştur. 10 Haziran 2009'da mide ve bağırsak rahatsızlığı nedeniyle yeniden hastaneye kaldırılmış ve yeni bir ameliyat geçirmiştir. SOn dönemde yeni eserlerinin tetkiki ile uğraşmış, Sebilürreşad Dergisi'nde yazıları yayınlanmıştır. 15 Ocak 2022 Cumartesi akşam üzeri vefat etmiştir. Cenaze namazı Marmara İlahiyat Fakülte Camiinde ikindi namazından sonra kılınarak Karacaahmaet Mezarlığına defnedilmiştir.